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一、功能性消化不良（非溃疡性消化不良nud） 这种症状是指有消化不良症状但却并没有其他器质性疾病，这种情况一般都比较常见于年轻妇女，有时发病的症状与十二指肠溃疡非常相似，比如餐后上腹饱胀不适，嗳气、反酸、恶心和无食欲等；而在神经官能方面，则会表现为焦虑失眠、神经紧张、情绪低落、忧郁等，这种情况通过心理治疗以及服用镇静安定剂都会起到一定的效果。因此再出现与溃疡症状相似的症状时，不要一开始就按照治疗溃疡的方法去治疗，否则本来是很轻的病症也会变得更加严重。
二、胆囊炎及胆石症 消化性溃疡最为典型的症状便是慢性、复发性上腹痛，因此很多患者都经常把胆囊炎、胆结石误诊为消化性溃疡，以至于延误病情的治疗。胆囊炎等疾病一般都以中年女性较为常见，一旦进食就会发作，最典型的便是胆绞痛，murphy征阳性，急性发作时常有发热及黄疸，通过B超及ercp检查可以确诊。
三、钩虫病由钩虫所导致的十二指肠炎与消化性溃疡也非常相似，比如出血、黑粪等。通过胃镜检查我们则可以发现，在十二指肠内可见到寄生的钩虫和出血点。而来自于农村的消化不良症侯者，则应该常规作粪检寻找钩虫卵，驱虫治疗有效，这样便可以与十二指肠溃疡鉴别。
四、胃癌 胃溃疡型胃癌的早期症状也与胃溃疡有着极为相似之处，但两者的根本区别却是非常大的，特别是在早期阶段。一些胃溃疡型胃癌在早期阶段其形态以及临床表现都与良性溃疡非常相似，甚至于通过一段时间的治疗以后也会出现暂愈合（假愈）的情况，如果不及时发现的话，很有可能会延误病情。因此一旦出现胃溃疡等情况，就应该进行胃镜检查，并且在溃疡边缘作多点活检，明确溃疡的性质。
